[OrFF]

 Сообщение от Товарищ генерал :

причем заряд еще не закончился

А. Тогда хз.
Могу предположить, что это особенность алгоритма зарядки. Если заряжать пустой акк, то в начальном цикле зарядка идёт с постоянном током, потом ток снижается. Возможно, выход на постоянный ток зарядки у Вашего ЗУ плавный и не совсем одинаков для разных ячеек. Или зависит от начального напряжения акка, или сопротивления.
А возможно, Вы, банально, вставили второй акк в зарядку сильно позже первого.
Вот, например, график тока встроенного ЗУ у рандомного фонарика.

[Товарищ генерал]

 Сообщение от OrFF :

А возможно, Вы, банально, вставили второй акк в зарядку сильно позже первого.

Нет. Одновременно. И программу задал на оба одну и ту же. (МС3000)

[Товарищ генерал]

Я понимаю, что емкость надо смотреть на сливе. А при заливке, так, из любопытства поглядываю. Вот и стало интересно почему показания различны, они же в данном случае не должны зависеть от внутреннего сопротивления, емкости реальной и пр.

[Товарищ генерал]

 Сообщение от OrFF :

Или зависит от начального напряжения акка

Вот! Только сейчас заметил! Может быть из-за этого!

[galex]

 Сообщение от Товарищ генерал :

почему показания различны

Если один из аккумуляторов достиг 4.2в, ток снижается

 Сообщение от Товарищ генерал :

одинаковым током